Utilizzando xfree86 e editando a manina il file /etc/X11/XF86Config-4 si dovrebbe aggiornare anche il file md5sum che si trova su /var/lib/xfree86/XF86Config-4.md5sum
Provare a riconfigurare X via dpkg-reconfigure infatti non apporterà le dovute modifiche al file perchè troverà incongruenza fra la md5sum calcolata e quella contenuta nel file. Per risolvere:
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cp -a /etc/X11/XF86Config-4 /etc/X11/XF86Config-4.old
md5sum /etc/X11/XF86Config-4 > /var/lib/xfree86/XF86Config-4.md5sum
dpkg-reconfigure xserver-xfree86